Несколько файлов agents.md в git-репозитории?

Пользователь хочет настроить два файла agents.md в git-репозитории: один общий для всех проектов, другой специфичный для конкретного репозитория, переопределяющий конфликтующие инструкции. Вопрос касается совместимости с большинством IDE.